Malezija ima subtropsku, vlažnu klimu sa prosečnim temperaturama oko 30°C, koje su niže u višim predelima.
Glavne promene u sezonama nastaju stizanjem monsuna koji donose jake pljuskove na istočnoj obali Malezije, na severoistočnom delu Sabaa i zapadnom kraju Saravaka (od novembra do februara).
Putovanja brodom nije preporučivo tokom velikih monsuna. Najlepše vreme za posete Malezije je između aprila i oktobra.
Kuala Lumpur ima toplu tropsku klimu sa velikim kišnim olujama koje se pojavljuju tokom godine, uglavnom u ranim večernjim satima. Dnevne temperature mogu dostići 35°C.
