Polihrono su 650. godine pre nove ere. sagradili doseljenici iz Eretrije, jednog od većih Grčkih polisa, i tada se zvao Neapolis. Grad su uništili Huni, a na istom mestu su lokalni stočari osnovali Polihrono koji je dobio ime po raznobojnom cveću. Polihrono su uništili Turci 1821. godine, ali su ga preživeli ponovo izgradili. Selo je oslobođeno od Turaka 1912. godine.
